Только в случае, если суд признает уважительной причину пропуска срока исковой давности

Поручение на перечисление налога направляется в Федеральное казначейство

В ответ на заявление общества о возврате суммы излишне уплаченного налога налоговый орган сообщил, что заявление не соответствует утвержденной форме, пропущен установленный срок, кроме того, переплата отсутствует.

Итог: в удовлетворении требования отказано, поскольку отсутствуют доказательства (сведения о выплаченных суммах доходов по каждому работнику за конкретный период, удержанных суммах НДФЛ, платежные документы, регистры бухгалтерского учета), свидетельствующие об излишнем перечислении налоговым агентом в бюджет НДФЛ.

Решениями налогового органа обществу было отказано в возврате налога на прибыль в связи с тем, что заявления о возврате были поданы по истечении трех лет со дня уплаты налога.

Итог: в удовлетворении требования частично отказано, поскольку неисполнение уполномоченным органом обязанности по сообщению налогоплательщику об излишней уплате налога, предусмотренной п. 3 ст. 78 НК РФ, само по себе не изменяет установленный порядок исчисления срока давности для возврата налога, поскольку данная обязанность уполномоченного органа является производной от первоначальной обязанности плательщика самостоятельно правильно исчислять и уплачивать налоги.

Налогоплательщик вправе подать заявление о зачете или возврате излишне уплаченной суммы налога в течение трех лет со дня уплаты (п. 7 ст. 78 НК РФ). 

Минфин России в письме от 15.06.2012 г. № 03-03-06/1/309 рассмотрел вопрос о том, как исчисляется срок подачи заявления о возврате переплаты по налогу на прибыль.