Только в случае, если суд признает уважительной причину пропуска срока исковой давности

Поручение на перечисление налога направляется в Федеральное казначейство

Согласно правовой позиции Конституционного Суда Российской Федерации, зафиксированной в определении от 03.07.2008 г. № 630-О-П, возмещение НДС за пределами установленного п. 2 ст. 173 НК РФ срока возможно, если реализации права налогоплательщика в течение этого срока препятствовали обстоятельства, связанные, в частности, с невыполнением налоговым органом возложенных на него обязанностей или с невозможностью получить возмещение, несмотря на своевременно предпринятые к тому действия со стороны налогоплательщика, и т.п.

В соответствии с п. 8 ст. 176 НК РФ налоговый орган на следующий день после дня принятия им решения о возврате налога направляет в территориальный орган Федерального казначейства поручение на возврат суммы налога, оформленное на основании решения о возврате налога. Территориальный орган Федерального казначейства в течение пяти дней со дня получения указанного поручения осуществляет возврат налогоплательщику суммы налога в соответствии с бюджетным законодательством РФ и в тот же срок уведомляет налоговый орган о дате возврата и сумме возвращенных налогоплательщику денежных средств.

Налогоплательщик вправе подать заявление о зачете или возврате излишне уплаченной суммы налога в течение трех лет со дня уплаты (п. 7 ст. 78 НК РФ). 

Минфин России в письме от 15.06.2012 г. № 03-03-06/1/309 рассмотрел вопрос о том, как исчисляется срок подачи заявления о возврате переплаты по налогу на прибыль.