Так решил Мосгорсуд

Он незаконно возместил НДС на 20,9 млн руб.

Компания, полагая, что решение инспекции в части доначисления НДС является необоснованным и незаконным, обратился с апелляционной жалобой в Управление Федеральной налоговой службы России. УФНС России по г. Москве, рассмотрев апелляционную жалобу ООО оставило жалобу без удовлетворения. Данные обстоятельства послужили основанием для обращения ООО с заявлением в арбитражный суд.

Итог: отказывая в удовлетворении заявленных требований, суд пришел к выводу об отсутствии у общества оснований для принятия к вычету сумм НДС, отраженных в уточненных декларациях по НДС за 1, 2, 3 кварталы 2013 года, представленных с нарушением установленного пункта 2 статьи 173 НК РФ трехлетнего срока. Кроме того суд указал, что обществом не представлено достаточных доказательств того, что налогоплательщик не имел возможности применить спорные налоговые вычеты по НДС, что является уважительной причиной, препятствующей своевременной реализации права на возмещение спорных сумм НДС.

Компания обращалась в налоговый орган неоднократно с заявлением о возвращением ему денежных средств (возврат налога), но заявление не было рассмотрено. Общество обратилось в суд.

Итог: судьи поддержали позицию ИФНС,  так как денежные средства были уплачены компанией не как налогоплательщиком, а как налоговым агентом (это был НДФЛ при выплате дивидендов).

Отказ налогового органа в уточнении платежа, а также отказ в пересчете пеней может быть обжалован организацией в вышестоящий налоговый орган

Новым федеральным законом упрощен порядок возврата излишне взысканных сумм налога, сбора, страховых взносов, пеней или штрафа