Стоит ли опасаться такой процедуры, как изъятие оригиналов документов?

Не всегда. Возьмем такой пример, инспектор обнаружила на нескольких счетах-фактурах отсутствие подписи руководителя и выписывает протокол об изъятии этих документов. Ее мнение – «я сейчас возьму оригиналы, налогоплательщик уже не сможет ничего сделать и можно доначислить НДС». Но волноваться в этом случае не надо. Вы имеете полное право позвонить (написать) поставщику и попросить его сделать еще раз такие же счет-фактуры. Потом вы их просто показываете инспектору - и все. Но как же изъятие, спросите вы? Да никак, вы же предоставили исправленные документы, вернее не исправленные, а точно такие же, но уже с подписью.